Di tingkat universitas dibentuk Senat Mahasiswa yang  dibantu oleh Badan Pelaksana Harian Senat Mahasiswa (BPHSM). Untuk pengembangan kemampuan penalaran, menyalurkan bakat dan minat serta meningkatkan kesejahteraan mahasiswa dibentuk Unit Kegiatan Mahasiswa ( UKM ). Dengan perincian sebagai berikut :
1. Bidang Keilmuan
   a. Lembaga Penelitian Kampus Mahasiswa ( LPM ) " Nuansa "
Pers Mahasiswa merupakan sarana bagi mahasiswa untuk menyalurkan ide kreatif  dalam bentuk tulisan dan melahirkan pikiran segar guna mengaktualisasikan diri dalam merespon permasalahan keumatan. Keberadaan pers kampus dalam realita empiris sangat signifikan untuk mensosialisasi alternatif pemikiran-pemikiran terhadap permasalahan-permasalahan yang tengah berlangsung di tengah mahasiswa maupun masyarakat.
Dari kondisi yang demikian, diawali dengan sebuah pendidikan dan latihan di Wisma Puas Kaliurang pada tanggal 21-24 November 1996 oleh SMPT UMY bekerjasama dengan kelompok studi Lingkaran, lahirlah Lembaga Pers Mahasiswa NUANSA. Kelahirannya langsung ditinjaklanjuti dengan penerbitan tabloidnya yang pertama dan kedua. Namun lembaga ini masih dibawah naungan Senat Mahasiswa Perguruan Tingi (SMPT). Baru pada tanggal 17 Agustus 1997 yang lalu Lembaga Pers Mahasiswa NUANSA UMY diresmikan langsung oleh rektor UMY sebagai unit kegiatan mahasiswa. Namun untuk kalangan mahasiswa sendiri namanya LPM NUANSA.

   b. Pelatihan dan Pengembangan Bahasa
Memasuki pergantian abad 21, kita dihadapkan pada tantangan yang tidak hanya berasal dari dalam negeri, namun juga berasal dari luar. Tantangan dari luar berupa masuknya pencari kerja luar negeri dalam bursa kerja yang seharusnya menjadi bagian kita. Sehingga sumber daya yang meningkat merupakan tuntutan yang tidak dapat ditunda lagi. Sebab pada dasarnya  perdagangan bebas merupakan wahana persaingan  antar kualitas sumber daya manusia.
Banyak bukti ang dapat kita dari berbagai negara maju yang memiliki pertumbuhan ekonomi yang cukup baik, karena memiliki sumber daya manusia yang berkualitas. Untuk memenangkan persaingan tersebut penguasaan bahasa asing khususnya bahasa Inggris menjadi sangat penting. Berangkat dari kenyataan tersebut maka dibentuklah wadah yang bisa digunakan sebagai sarana belajar bersama dalam penguasaan bahasa Inggris.

   c.  Mahasiswa Pecinta Retorika
Kemajuan sains dan teknologi pada era modernisasi ini sangat di dominasi oleh transformasi informasi dan komunikasi. Kecenderungan yang mengglobal ini akan lebih berdaya guna jika ditopang dengan sumber daya manusia yang mampu menguasai tehnik berkomunikasi secara profesional.
Retorika sebagai seni berkomunikasi hadir di tengah tengah kehidupan dan aktivitas mahasiswa sebagai dasar pijakan dan patokan untuk mengembangkan wawasan dan daya kreativitas mahasiswa dalam seni komunikasi yang mencakup : public relation, MC, Pidato, Moderator dan aktivitas lainnya di bidag komunikasi.

   d. Kelompok Penelitian Mahasiswa Di tengah era kesejagatan dewasa ini, kebutuhan akan hal-hal yang inovativ semakin mendesak. Ini tidak lepas dari pesatnya pembangunan material maupun sumberdaya manusia. Perkembangan bangsa Indonesia ternyata di sisi lain banyak menimbulkan fenomena-fenomena yang menarik untuk diteliti.
Hasil-hasil penelitian tersebut sangat dibutuhkan sebagai upaya mengungkap fakta yang timbul di masyarakat. Fenomena masayarakat yang komplek ternyata menjadi sebuah permasalahan yang tentunya menghendaki adanya sebuah pemecahan.
Berangkat dari itu kami mahasiswa yang tertarik dengan kegiatan penelitian mencoba untuk urun rembuk membantu memecahkan permasalahan yang timbul di dalam masyarakat. Kelompok ini diharapkan dapat menumbuhkan minat penelitian di kalangan mahasiswa, mengembangkan pola pikir yang terarah dan memasyarakatkan budaya penelitian di kalangan mahasiswa.
 

2. Bidang Kesenian
   a. Drum Corps
Sejalan dengan perkembangan dan kemajuan yang telah dicapai oleh Universitas Muhammadiyah Yogyakarta dewasa ini, perlu kiranya didukung oleh unsur-unsur lain yang ada di dalamnya, diantaranya adalah meningkatkan sumberdaya manusia serta menjunjung tinggi mutu lulusannya. Berdasarkan alasan-alasan tersebut maka pada bulan juni tahun 1997 telah disepakati bersama berdirinya Drum Corps Universitas Muhammadiyah Yogyakarta  dan mulai dipersiapkan sgala keperluan perlengkapan , pelatih dan penerimaan yang kesemuanya masih ditangani oleh UKM kesenian bekerjasama dengan Unniversitas.
Mulai awal bulan Juni telah ditetapkanlah jadual latihan, kegiatan-kegiatan pendukung, pemilihan pengurus dan lain-lain. Dalam waktu yang relatif singkat, maka pada tanggal 17 Agustus 1997 UKM DRUM CORPS UMY diresmikan diawali dengan pentas perdana, pada saat peresmian kampus terpadu UMY.
Dengan berdirinya UKM Drum Corps ini diharapkan dapat menambah maraknya kegiatan kemahasismaan dan dapat memberi warna terhadap perkembangan UMY.

   b. Teater
-Telah dipercaya untuk menggarap sebuah paket produksi teaterisasi puisi dan lagu yang berjudul "kearifan dan penjual kacang"
 karya MH Ainun Najib yang ditayangkanpada  tanggal 19 Februari 1995 di TPI, dalam rangka  hari raya Idul Fitri.
-Telah berhasil mementaskan karya-karya sendiri di berbagai even di DIY dan Jawa Tengah
-Selalu ikut dalam Pagelaran Teater Musim Panas.
 
c. Kelompok Paduan Suara
Berdiri tanggal 16 Desember 1994. Prestasi yang pernah diraih antara lain : pada bidang tarik suara juara l putra, juara l putri dan juara 3 putri serta dinobatkan sebagai juara umum putra dan juara umum putri  dalam lomba karaoke se DIY  tahun 1994.

   d. Band
Saat ini, Studio UMY merupakan studio paling megah dan elit di banding studio di Universitas lainnya meski baru dibentuk bulan Juni. (Gitar : Fender Stratocaster, Bass : Ibanez, Keyboard : Korg I4, Drum : Pearl, Sound : menggunakan seperangkat Peavey)
Prestasi yang pernah diperoleh adalah termasuk dalam 10 besar festival band mahasiswa se- Jawa Bali pada tahun 1995. Bersama
 
e. Senirupa
Seni rupa dewasa ini adalah alat baru untuk mengenali eksistensialisasi diri, mengorganisasikan mode-mode kepekaan baru. Untuk merespon fungsi-fungsi baru tadi tentu diperlukan kemampuan penciptaan sebuah karya seni. Keinginan beberapa mahasiswa untuk dapat berekspresi dalam bidang seni rupa tertahan karena belum adanya fasilitas yang mendukung. Maka berawal dari itu maka lahirlah Unit Kegiatan mahasiswa Seni Rupa (UKM Seni Rupa) yang diresmikan pada tanggal 17 Agustus 1997. UKM ini ingin menyediakan wadah bagi mahasiswa UMY yang tertarik untuk terjun di bidang seni rupa, baik sarasehan, pelatihan atau pameran.

   f. Fotografi
Sebagai mahasiswa, selain bidang studi yang ditekuni tentulah dia juga mempunyai minat atau bakat dalam bidang tertentu. UKM Fotografi dibentuk agar mahasiwa UMY peminat fotografi bersama-sama belajar mendalami/mengasah kemampuan fotografinya. Dengan belajar bersama akan dapat saling bertukar informasi dan pengalaman. UKM Fotografi didirikan pada tanggal 17 Agustus 1997 bersamaan dengan peresmian kampus terpadu. Dalam berbagai programnya UKM Fotografi UMY telah meleksanakan diklat bagi mahasiswa UMY dan  umum, pemotretan bersama/hunting, mengikuti perlombaan tingkat nasional, pameran foto dan kegiatan lain yang mendukdung.

   g. Muhammadiyah MultiMedia Kine Club
Muhammadiyah Multi Media Kine Klub (MMKK) dibentuk pada tanggal 8 Agustus 1997 yang dimotori oleh rekan-rekan dari fisipol. Tujuan semula adalah untuk mengantisipasi akan kebutuhan akan studi kasus dan kemampuan untuk menganalisa kasus-kasus yangada. Akan tetapi dalam perkembangannya MMKK diusulkan menjadi salah satu Unit Kegiatan Mahasiswa di UMY. Sehingga lingkup geraknya menjadi lebih luas. Di dalam MMKK program kerja yang utama adalah penelaahan,pengkajian  dan refleksi dari film-film. Fil tersebut tidak hanya film komersiil saja akan tetapi juga film-film dokumenter maupun tampilan iklan. MMKK mempunyai link ke UMY, Muhammadiyah dan Sekretariat Nasional Kine Klub Indonesia.

   h. Gamelan

3. Bidang Olah Raga
   a. Tapak Suci

   b. Kyokushinkai Berdiri sejak tahun 1989.
Prestasi yang pernah diraih adalah pernah memperoleh juara pada kejuaraan karate full contact di Jakarta pada bulan november 1997 (Aempai sf Lubis). Karateka mahasiswi Hukum UMY, Endang Wahyuniyati  pernah meraih juara faforit pada kejuaraan karate full contact se DIY Jateng dan Jatim pada bulan mei 1997. Disamping itu dojo Kyokushingkai UMY itu pernah 3 kali menjadi tuan rumah kejuaraan daerah.

   c. Taekwondo
   d. Sepak Bola
- Prestasi terakhir yang kami ketahui adalah juara liga mahasiswa yogyakarta tahun 97
   e. Bola Voli
   f. Sepak Takraw
   g. Bola Basket
   h. Tenis Meja
   i. Bulu Tangkis
4. Khusus
   a. Koperasi Mahasiswa
   b. Pramuka
   c. Mahasiswa Pecinta Alam
- Pernah menyelenggarakan Jambore Nasional Mapala PTM beberapa waktu lalu.
- Berkali-kali menyelenggarakan Lomba Panjat Dinding Nasional maupun Regional.
   d. Resimen Mahasiswa
- ....??

Di tingkat fakultas dibentuk Badan Perwakilan Mahasiswa (BPM) dan Senat Mahasiswa Fakultas (SMF). Sementara itu ditingkat jurusan dibentuk Himpunan Mahasiswa Jurusan (HMJ), sedangkan ditingkat kelas dalam satu jurusan dibentuk Komisariat Senat Mahasiswa (KOSEMA).
Untuk pengembangan alumni, telah dirintis pembentukan wadah alunmi UMY yang diberi nama "Keluarga Alumni UMY" disingkat  " KAUMY ". Pembentukan wadah alumni dilakukan dalam reuni dan musyawarah 1 alumni yang dilaksanakan tanggal 27 Agustus 1997 di kampus UMY.
Selain organisasi mahasiswa universiter, dilingkungan UMY berkembang juga organisasi ekstra universiter. Sesuai dengan kaidah PTM maka salah satu organisasi eksta universiter yaitu Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (IMM) diberi kesempatan mengembangkan aktifitasnya secara formal di kampus UMY. Dengan demikian IMM memainkan perannya secara khusus di dalam kampus UMY. Selain mengembangkan berbagai aktivitas sesuai program kerjanya, IMM secara khusus juga bertanggung jawab terhadap pelaksanaan dakwah di kampus. Ditingkat universitas, IMM memiliki koordinator komisariat (KORKOM), sedang di tingkat fakultas dibentuk komisariat.