Surgimento do Arraial
No século XIX, durante o Império, como todo o nordeste, a província da Bahia sofre as consequências da decadência da economia açucareira. Apesar do surgimento de novas áreas de prosperidade economica, como a zona cacaueira no sul do estado o empobrecimento é geral. Nos sertões do norte e do oeste, ao longo da Bacia do São Francisco, a agropecuária de subsistência garante a sobrevivência da população, submetida ao poder das oligarquias e sujeito à influência dos lideres messiânicos, como Antônio Conselheiro, fundador do Arraial de Canudos.
Início do Movimento
O movimento de Canudos ocorre na última década do século XIX, no sertão do norte da Bahia. Sob a liderança messiânica de Antônio Conselheiro, milhares de pessoas juntam-se no Arraial de Canudos. Visto como ameaça à republica e à ordem social, é destruida por tropas federais em 1837, depois de intensos combates.
Depois de passar anos pregando pelo sertão, o beato reúne um grupo de seguidores e, em 1893, funda o Arraial. Enquanto constrói a cidade e organiza o sistema de produção, baseado no trabalho coletivo, Conselheiro continua sua perigrinação, na qual mistura a doutrina cristã à religiosidade popular. Proclama o início de uma "nova era" e convoca os fiéis a defender a monarquia. Endurece suas críticas à republica e à igreja, recusa o pagamento de um imposto e regeita o casamento religioso. Canudos começa a ser visto não só como "arraial de fanáticos" mas também como perigoso reduto de rebeldes monarquista e desordeiros que precisava ser eliminado.
A Guerra
Em 1896, porém, um pequeno incidente deu origem a um desentendimento trágico. Quando o pregador mandou seus adeptos comprarem tábuas na cidade de Juazeiro, para cobrir uma nova igreja, os comerciantes locais recusaram-se a entregar a madeira.
Antônio Conselheiro ordenou então que um grupo de fiéis fosse buscá-las. Temerosos, os comerciantes foram ao destacamento militar de Juazeiro e acusaram o pregador de monarquismo pois, acostumados ao regime da fusão entre Estado e Igreja, ele não aceitava que os cimitérios deixassem de ser locais sagrados e fossem administrados pelas autoridades civis, como previa a nova Constituição republicana.
As duas primeiras expedições enviadas pelo governo baiano contra o arraial entre 1896 e 1897 fracassam completamente: A primeira tropa saiu para combater os fiéis e os encontrou na vila de Jauá. Depois de disparar sobre a multidão que rezava e reagia ao fogo com pedras e cantos, os soldados fugiram. Na volta, disseram ter sido atacados por um bando de fanáticos. Alarmado, o governo estadual enviou à região um destacamento de 600 homens para fazer o que a força local não havia conseguido: destruir Canudos; A segunda, porém, os rebeldes não foram surpreendidos. Apesar de quase desarmados, prepararam emboscadas ao longo do caminho até o vilarejo. As tropas, pouco acostumadas com o ambiente hostil, foram se dividindo e se atemorizando à medidaque entravam na caatinga. Muitos desertaram e foram capturados pelos adeptos de Antônio Conselheiro, assim como suas armas. Em pouco tempo as tropas recuaram. Para justificar o fracasso, os derrotados exageraram nos relatórios a força do inimigo, caracterizando-o como uma ameaça para a República. Quando as notícias alcançaram um Rio de Janeiro ainda assustado por causa da Revolta Armada, Canudos já se tornara um "perigoso bastião monarquista".
As duas segundas expedições foram enviadas de Março a Outubro de 1897 pelo governo federal e organizada pelo Exército: A primeira. Para combater os supostos fanáticos, o governo recorreu a um fanático republicano: o coronel Moreira César, positivista encarniçado que se destacara na repressão aos federalistas gaúchos.
Com a presunção de um cientista e a ambição de um ditador, pôs se a caminho da Bahia em 1895, comandando 1300 homens bem armados.
Tão confiante estava Moreira César que nem sequer tomou precauções elementares para atravessar o sertão nordestino: levou pouco víveres, confiando na vitória rápida, e ordenou que as tropas marchassem em acelerado na caatinga inclemente sofreu ele mesmo as consequências: no meio do caminho, teve ataques de epilepsia e começou a delirar.
Mas não alterou seus planos. Assim que vivi a cidade, ordenou um ataque frontal e a descoberta, sem ao menos estudar o inimigo. Foi baleado na primeira carga e logo morreu.
Ao ver morto o presunçoso chefe, as tropas foram tomadas pelo terror. Apavorados com a fama de santidade e invencibilidade do Conselheiro, os soldados fugiram e acabaram sendo mortos pelos rebeldes, que com isso também multiplicaram seu poder de fogo; Na segunda mais uma vez, as notícias chegaram ampliadas e distorcidas ao Rio de Janeiro, sobretudo devido à extraordinária credulidade da imprensa republicana.
Forçado pelas circunstâncias, o governo decidiu enviar nova força. Desta vez com 5 a 6 mil homens, e artilharia pesada, conseguem finalmente tomar e destruir Canudos, seu comando coube ao próprio ministro da Guerra, o marechal Carlos Machado de Bittencourt. A expedição partiu em 1896. Depois de curtas encarniçadas, o adversário que só conheciam de imaginação foi cercado em meados de 1897. O que ocerreu em seguida foi um massacre: sem água e sem comida, os moradores de Canudos foram abatidos a tiros de canhão e fuzil. O Conselheiro morreu e junto a ele milhares de combatentes, poucos dias antes do ataque final, durante o qual foram fuzilados os quatro últimos seres vivos da Vila arrasada.
Eliminados os homens, ainda era preciso eliminar os símbolos. As poucas paredes que restavam em pé no vilarejo foram meticulosamente demolidas. Os raros prisioneiros capturados - cerca de 400 prisioneiros, entre velhos, mulheres e crianças - foram levados para o Rio de Janeiro para serem exibidos em triunfo. Depois de comemorada a vitória da República, parte das tropas foi alojada em barracos no morro da Favela (nome tirado de uma árvore que havia no local), nas proximidades do centroda cidade. Apesar das promessas, ficaram por ali mesmo. Logo o nome se generalizou, numa alusão às precárias condições em que viviam os sobreviventes.