知本溫泉源自知本溪岸，發現得很早。遠在民國6年（即日據時代大正6年），當地的卑南族原住民，在溪床上掘地準備耕種時，發現有蒸氣熱力由地底冒出，最初並不懂得利用，而後因工作勞累，前往沐浴浸泡時，方覺對皮膚病及各種創瘍，頗有療效，而稱之為「神水」。此後，原住民相互走告，常結伴掘泉露天洗浴，甚而在溪岸搭蓋茅屋居住。他們往往等一處泉源涸竭後，再往他處鑿泉，一直往知本溪上游移勳，而次第發現了外、內溫泉。
日據時代，日人往知本溫泉建設公共浴場和賓館，吸引很多喜歡集體泡浴的日本「泡湯族」。光復以來，重新整修過，並將賓館改成招待所。民國70年以後，陸續有民間投資，增建新穎的觀光大飯店，都以「溫泉」為號召。