知本溫泉源自知本溪岸,發現得很早。遠在民國6年(即日據時代大正6年),當地的卑南族原住民,在溪床上掘地準備耕種時,發現有蒸氣熱力由地底冒出,最初並不懂得利用,而後因工作勞累,前往沐浴浸泡時,方覺對皮膚病及各種創瘍,頗有療效,而稱之為「神水」。此後,原住民相互走告,常結伴掘泉露天洗浴,甚而在溪岸搭蓋茅屋居住。他們往往等一處泉源涸竭後,再往他處鑿泉,一直往知本溪上游移勳,而次第發現了外、內溫泉。
日據時代,日人往知本溫泉建設公共浴場和賓館,吸引很多喜歡集體泡浴的日本「泡湯族」。光復以來,重新整修過,並將賓館改成招待所。民國70年以後,陸續有民間投資,增建新穎的觀光大飯店,都以「溫泉」為號召。
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