L'archipel des Philippines est défendu par la 35e armée du général Suzuki et par la 14e zone d'armée du général Yamashita. L'île de Leyte est tenu par la 16e division du général Makino.
Au mois de septembre, voyant la faiblesse de l'ennemi devant les raids d'harcèlement, les Américains décident de laisser tomber les objectifs intermédiaires de Yap et de Mindanao et de sauter directement à Leyte. Par la même occasion, le haut commandement laissait tomber les objectifs de Formose et Amoy pour se concentrer sur la libération de Luçon.
En préparation de l'opération Roi II : le débarquement à Leyte, MacArthur s'empare de Morotai, au nord de Halmahera. De son côté, Nimitz conquiert Peleliou qui était défendue par la 14e division japonaise bien retranchée dans les grottes. Le 15 septembre débarquait la 1ère division de Marines, mais ce n'est qu'avec l'arrivée de la 81e division que l'île fut sous contrôle le 25 novembre au prix de 2000 Américains tués et de toute la garnison japonaise. Toujours dans les Palaos, la 3e force amphibie prend l'atoll d'Ulithi qui deviendra après le passage des Seabees la 2e plus grande base navale derrière Pearl Harbor à seulement 1700km de Manille et 2200km d'Okinawa.
Précédant le débarquement, la Task Force 38 de Mitscher pilonne du 10 au 15 octobre les bases de Ryu-Kyu, de Formose et de Luçon. Les Américains éliminent ainsi 500 appareils et 40 cargos en ne perdant que 110 avions et deux croiseurs sont endommagés (même si les rapports japonais citent que 11 porte-avions, 2 cuirassés et 4 croiseurs ont été coulés et 28 autres navires endommagés).
Le 17 octobre, la 7e flotte de Kinkaid comprenant 700 navires et embarquant 175 000 hommes de la 6e armée apparait dans le golfe de Leyte où elle s'empare des îles contrôlant l'entrée du golfe. Après les cuirassés et les croiseurs aidés de 18 porte-avions d'escorte pilonnèrent les environs durant 2 jours.
Les Américains débarquent à Leyte le 20 octobre 1944 avec le 10e Corps (1ère division de cavalerie et 24e division d'infanterie) au nord se dirigeant vers Tacloban et son aérodorme et le 24e Corps (96e et 7e division) au sud se dirigeant vers Dulac. Durant les débarquement, seul le croiseur Honolulu fut endommagé par un avion-torpilleur. MacArthur débarque avec la 3e vague d'assault. Ce débarquement amènent deux réactions japonaise: l'envoi de la flotte combinée dans le golfe de Leyte et l'envoi de renforts terrestres par Yamashita (car une seule division était présente à Leyte). Les combats terrestre vont se poursuivre jusqu'en décembre avec comme moments forts: l'attaque aéroportée contre des aéroports américains par les Japonais le 6 décembre, le 7 décembre la 77e division US débarque dans le golfe d'Ormoc (derrière les Japonais) et un débarquement américain à Palompon le 22 décembre. Au 8 mai 1945, les Japonais auront perdu 80 600 hommes et les Américains 3500.
Pendant les combats sur Leyte, MacArthur et ses troupes sont débarqués à Mindoro le 12 décembre pour pouvoir utiliser l'aérodrome de San José.
Le 9 janvier 1945, les 14e (37e et 41e divisions) et 1er (6e et 43e divisions) Corps US débarquent au nord de Luçon et descendent jusqu'à Manille en 3 semaines grâce à une manoeuvre d'intoxication qui persuade Yamashita que la prochaine attaque va provenir de Mindoro. Le général Yamashita, préférant se battre en forêt, ordonne à ses 262 000 hommes (divisés en trois groupes) de laisser la ville pour se réfugier dans les montagnes. Cependant l'amiral Iwabuchi reste dans la ville avec 17 000 hommes et ils résistent pendant 1 mois (jusqu'au 3 février). Le 29 janvier, le 11e corps débarque à Olongapo tandis que la 11e division de parachutiste atterie au sud du détroit reliant la baie de Manille au Pacifique. Le 4 février, MacArthur peut entrer triomphalement à Manille. Finalement, la ville sera libérée par le 14e Corps au prix de 1000 tués et 5000 blessés. Du côté japonais les survivants sont rares. Pendant ce temps la péninsule de Bataan est libérée le 21 février par le 11e Corps sous les ordres du général Hall qui combattait le groupement Tsukada. Par une opération amphibie (34e régiment) et aéroporté (503e régiment de parachutiste), Corregidor est aussi libérée le 27 février.. Les montagnes de Luçon sont libérées du groupement Shimbu, sous les ordres du général Yokoyama, en 2 mois par le 14e Corps. Le 1er Corps élimine le groupement Shobu, réfugié dans le nord de l'île. Au moment de la capitulation du Japon, il restera encore 40 000 combattants sous les ordres de Yamashita qui devront se rendre à la 8e armée alors en place.
Les petites îles de l'archipel philippin (Palawan, Panay, Cébu, Bohol, Negros et Tawi-Tawi) sont toutes libérées par une trentaine de débarquements de la part de la 8e armée. Mindanao est assailli le 10 mars par la 41e division à Zamboanga, puis grâce à l'aide des guerillos du colonel Fertig, les 2 divisions japonaise du général Tomochika se rendent le 7 septembre après avoir été refoulé dans la jungle. Bornéo est aussi attaquée par le 1er corps australien de Morshead et par la 7e force amphibie. Le 1er mai, l'île de Tarakan, avec ses puits de pétrole, tombe. Brunei suit le 10 juin sous l'assault de la 9e division en même temps que la 7e division australienne s'empare de Balikpapan. Finalement MacArthur veut libérer Java mais Washington le lui interdit.
Pour la reconquête si chère à MacArthur, les Américains ont engagé 17 divisions pour un bilan de 10 000 tués et de 30 000 blessés, mais ce qui est pire c'est que peu de Japonais se sont rendu, préférant se battre à mort, et on peut estimer facilement qu'au moins 150000 d'entre eux sont morts, soit 23 divisions. Les stratèges commence à entrevoir le carnage, pour les deux camps, que sera le débarquement sur l'île du Japon (opération Olympic et Coronet).
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